現(xiàn)在的高通量測(cè)序平臺(tái)（主要是illumina）在直接測(cè)序時(shí)只能測(cè)出200bp長(zhǎng)度的序列，因此建庫方案是將DNA片段化為200bp，然后深度測(cè)序后，最后將序列拼接。我公司自主研發(fā)的非接觸聚能式超聲波DNA打斷儀可以在不接觸樣品的情況下隔著EP管將細(xì)胞DNA鏈至打斷至200bp或是更小。
實(shí)驗(yàn)?zāi)康模?/strong> 將收集的細(xì)胞DNA片段化
實(shí)驗(yàn)樣品： 鼠源乳腺癌4T1細(xì)胞
實(shí)驗(yàn)儀器：非接觸聚能式超聲波DNA打斷儀
打斷條件：低溫4度，打斷20s，間隔3s
實(shí)驗(yàn)步驟：
1. 取1皿細(xì)胞（10 cm平皿），加入37%甲醛，使得甲醛的終濃度為1%。
2. 37℃孵育10 min。
3. 終止交聯(lián)：加甘氨酸至終濃度為0.125 M。450 ul 2.5 M甘氨酸于平皿中?；靹蚝螅谑覝叵路胖? min即可。
4. 棄培養(yǎng)基，用冰冷的PBS清洗細(xì)胞2次。
5. 細(xì)胞刮刀收集細(xì)胞于15 ml離心管中（PBS依次為5 ml，3 ml和3 ml）。預(yù)冷后2 000 rpm 5 min收集細(xì)胞。
6. 倒去上清。按照細(xì)胞量，加入一定體積的SDS Lysis Buffer。再加入蛋白酶抑制劑復(fù)合物。
7.將低溫循環(huán)水槽開啟降溫至0℃
8.將程序調(diào)制循環(huán)模式，超聲20秒停3秒，總時(shí)間設(shè)置40分鐘
9.啟動(dòng)機(jī)器至超聲結(jié)束
10.加解交聯(lián)試劑65℃過夜解交聯(lián)
11.將超聲過的樣品提DNA片段
12.1.5%瓊脂糖凝膠電泳
13.拍照
超聲后提取DNA跑焦后的效果圖：
